Memasuki babak kedua, Baik Indonesia maupun Irak sama-sama melakukan pergantian pemain. Di kubu Indonesia, Ricky Kambuaya ditarik dan digantikan dengan Ragnar Oratmangoen sementara Graham Arnold menarik keluar Kevin Yakob dan Sherko Gubari dan menggantikan mereka dengan Zidane Iqbal dan Youssef Amyn.
Di babak kedua ini, Timnas Irak tampil lebih berani. Mereka bermain lebih terbuka sehingga pertandingan berjalan jadi lebih sengit antara kedua tim.
Peluang berbahaya pertama Timnas Indonesia di babak kedua lahir dari tembakan mendatar Kevin Diks di menit ke-65, namun bola berhasil diamankan oleh Jalal Hasan.
Setelah melakukan sejumlah percobaan, Timnas Irak akhirnya mencetak gol di menit ke-75. Zidane Iqbal melepaskan tembakan mendatar dari luar kotak penalti dan berubah menjadi gol. Irak unggul 1-0 atas Timnas Indonesia.
Tertinggal satu gol, Timnas Indonesia mencoba menaikkan intensitas serangan. Di sisi lain, Irak tampil lebih agresif untuk mempertahankan keunggulan mereka.
Irak harus bermain dengan 10 pemain setelah bek mereka, Zaid Tahseen mendapatkan kartu kuning kedua di masa injury time. Namun Singa Mesopotamia mampu mempertahankan keunggulan mereka hingga peluit panjang dibunyikan.